Habría que definir que es "mejor". El resultado en ambos es el mismo.
La emulación por hardware (FPGA) requiere menos capas... el código de emulación se ejecuta directamente en el hardware. Se requiere un FPGA no tan rápido, y sin tanta memoria como en la de software, pero es más dificil de programar. Se usa Verilog/HDVL como lenguaje de programación. Las FPGA, a diferencia de una CPU normal, es multi-tarea de verdad.
VICE, que es por software, tiene varias capas en el medio: el API grafica, el sistema operativo, y algo más seguro. Es más fácil programar en C++ que en HDVL/Verilog. Pero se requiere un procesador más rápido y más memoria.
Yo creo que en teoría se podria tener algo similar al Turbo Chameleon 64 pero por software usando Raspeberry Pi 2. De hecho el Retro Pie hace algo así:
http://blog.petrockblock.com/retropie/Para hacer algo que compita directamente con el Turbo Chameleon 64, habría que agregarle un "Hat" al Raspberry Pi para que se conecte a la commodore 64 y quizas algo más.
Quizas la Raspeberry Pi 2 + un "Hat" hecho a medida cueste aún menos que el Turbo Chameleon 64.