La diferencia es que un TAP es lo que en fotografia se llama un fichero RAW o como a mi me gusta llamarlo 'en bruto'. Almacena, mas o menos, toda la informacion que se ha grabado en la cinta sin importar el formato. Un T64 es un contenedor que almacena PRGs, y solo PRGs.
Pero los juegos comerciales tenian sus propios cargadores o turbos de carga, tanto para acelerar la carga como para dificultar la copia del juego.
Si el programa es de una sola carga, eliminas sin mas esa parte y dejas el juego en formato PRG (que luego puedes incluir en un contenedor como el T64 o el D64).
En cambio si el juego es multicarga te encuentras con el problema de que despues de cargar el programa principal no puedes seguir cargando las diferentes partes porque estas estan en un formato NO-estandar.
La unica solucion es reprogramar todas las rutinas de carga del juego, cosa que es un trabajo enorme y solo se hace con algunos cracks de lujo, y solo para versiones disco o Easy Flash, para cinta no merece la pena.
Aqui tienes algunos de los cracks 'de lujo' a que me refiero. Solo estan los mas recientes que me han parecido interesantes, hay muchisimos mas:
http://retroinvaders.com/commodoremania/foro/index.php/topic,1375.0.html