Como actualización a este tema, Chrome ha deshabilitado la opción de enlaces tipo ftp:// asi que ya no se puede usar más el truco de chrome://flags/ > Enable support for FTP URLs
En Firefox mas de lo mismo, no sé otros navegadores.
Asi que la opción que estoy usando ahora es que al mostrarme el mensaje para elegir programa, elijo Filezilla (un programa de FTP que uso para el tema web) y desde ahí se puede descargar, aunque hay que navegar hasta la carpeta y buscar el archivo. En fin, un poco lío pero para las situaciones puntuales que lo uso me sirve.