En principio el caso de la Megadrive es unico. Y ademas porque usa un conector DB9, si le hubieran puesto otro, que creo que es lo que deberian haber hecho, no hubiera ocurrido esa confusion.
Que yo sepa todos los joysticks de MSX valen para los demas sistemas. Si pone para MSX creo que sera probablemente porque fuera de fabricantes que utilizaban el sistema MSX.
Con los joysticks de Amstrad en principio tampoco deberia haber problemas. Pero si que he visto que algunos joysticks, en particular 2 modelos diferentes de Quickjoy que yo he tenido, tienen un interuptor para seleccionar un 'modo' CPC464. Aunque por mis pruebas solo influian en el modo en que funcionaba el 'disparo automatico' y ademas solo se notaba en determinados juegos.
Resumiendo: nunca he tenido problemas, ni se de nadie que los tubiera, con joysticks de MSX o Amstrad.