Es difícil de saber si ha sido por el gamepad o por otra causa.
Yo uso gamepads de Megadrive pero modificados, nunca de stock.
El protector tampoco sé lo que hace, pero en mi opinión y sin ser un experto, los pines más conflictivos son:
7 - 5v (importante que esté anulado o al menos que no tenga retorno)
9 y 5 que son los que controla el SID para el ratón y paddle
Yo lo que haría con ese gamepad es cortar los cables que van a esos pines y así te curas en salud. O mejor todavía, te puedes hacer un cable como este que es muy sencillo:
https://commodoremania.com/foro/index.php/topic,1836.msg36009.html#msg36009Y te vale para cualquier mando, no te garantiza que el mando funcione, pero sí te garantiza que no te va a romper el C64.