Lo más habitual es eso, cargar el directorio, teclear un programa sin pensar en hacer NEW, y grabarlo. Si no borras el programa del disco e intentas volver a grabarlo con el mismo nombre, el LED parpadeará para indicar error. Pero vamos, el NEW es antes de grabar, antes de cargar es indiferente que hagas NEW o no, a menos que la carga sea un append, yo no lo he hecho nunca.
No creo que pueda ser un problema de corrupción del disket, porque el directorio no se almacena como un listado. Eso se genera en un proceso. Me parece más probable que la disquetera no consiguiese grabar nada y estuviese recuperando siempre lo mismo.
Es posible que pueda haber algún problema en la RAM o la ROM y haga cosas raras, pero vamos, lo que describes es más típico que sea un despiste tuyo.