Haciendo pruebas he visto lo que pasa, y es que las 2 melodías salen por los 2 SIDs al mismo tiempo, y por eso se acoplan y producen ese ruido.
Es decir, se supone que la melodía 1 debería de salir por un SID y la melodía 2 debería de salir por el otro SID, pero supongo que habrá que configurar el U2+ asignándole otra dirección de memoria para que "bifurque" el sonido entre los 2 SIDs.
He probado varias configuraciones pero no he dado con la tecla, será cuestión de seguir probando.
También puede ser que este tipo de SIDs sólo funcionen con hardware real, es decir con 2 SIDs reales, o bien que estén hechos sólo para emulador... no estoy seguro.