Si, son digitales, solo envian ceros o unos, en realidad solo ceros, cuando no esta la direccion/boton puestos a masa (negativo), el C64 lee un 1 automaticamente en esa entrada.
Los de PC con DB15 son analogicos, en la practica es como tener dos paddles, uno por eje. Lo malo de los analogicos es que requieren calibracion de limites y centrado, pero la ventaja es que tienen puntos medios, si uno va por ejemplo hacia adelante se detecta con que nivel, es decir que tan lejos esta la palanca del centro, y esto se usa para mover un personaje a distintas velocidades.
Las adaptaciones que hay convierten esos niveles analogicos en ceros y unos para simular un joystick Atari como los que usa el C64, se perderia la diferenciacion de velocidad de movimiento, es decir mover poco o mucho seria lo mismo, pero al menos seria usable.