Efectivamente el formato CRT es una estructura "artificial" creada para la emulación. Básicamente tiene una cabecera general que indica los parámetros del cartucho (número de bancos de memoria, tamaño, etc) y luego varios campos de tipo "CHIP" que contienen los datos en sí, normalmente son de 8 kb.
El fichero .BIN es la concatenación pura de dichos bancos de memoria. Sin embargo, HW como el 1541U2 necesita el fichero .CRT para gestionar el arranque del cartucho.