Me acabo de dar cuenta que solo lo he usado con programas de C16/Plus/4

Con el tipico PRG de C64 que arranca con una linea BASIC del tipo:
10 SYSXXXX
Deberia funcionarte esto:
exomizer sfx basic NOMBRE.PRG
Ten cuidado que renombra el resultado a algo asi como "a.out" y si haces varios sobreescribe los anteriores.