me imagino que con los temporizadores cronometra lo que dura el ciclo que necesita para cortar el raster... ¿no? en vez de llamar cada vez que el raster esta en una determinada linea, se "corta el barrido en una linea determinada" cada x tiempo (el tiempo que solia emplearse igualmente al pasar el raster por esa linea) 
A mi me lo explicó una persona que lo desensambló.. pero creo que no se trata exactamente de cronometrar con los timers de las CIAs sino de generar interrupciones con dichos timers (en un momento determinado). La multiplexación de sprites se sigue haciendo mediante interrupciones pero en vez de éstas ser generadas por el VIC (raster) son generadas por los timers de las CIAs.
Desconozco que ventajas o inconvenientes puede tener este sistema, así a priori y sin conocerlo me parece más cómodo manejar interrupciones raster.
