En realidad lo que sale de la disketera son unos y ceros, aunque la señal supongo que sera analogica. Lo que se escribe en los diskettes es una secuencia de unos y ceros tal como se hace en una cinta, pero mas eficiente porque el material magnetico es mas fiable. En una cinta, por ejemplo en un Spectrum o MSX, se suele usar un metodo similar al de los modems, donde se envia un tono de una frecuencia para los unos y otro para los ceros, esto en la practica se traduce a que por ejemplo se graben 3 pulsos para un 0 y 6 pulsos para un 1, por elegir numeros arbitrarios. Lo que hace el ordenador es contar los pulsos y con eso darse cuenta de si es un 0 o un 1, esto en un diskette desperdiciaria mucho espacio, ya que por ejemplo estariamos usando 12 bits como minimo para representar 1 bit de datos. De donde sale esto? De que tenemos 3 pulsos para un 0, que se almacenaria como 101010, o 6 pulsos para un 1, que seria 101010101010, pero como los dos tienen que ocupar el mismo tiempo, el 0 tendria bits del doble de largo, quedaria entonces 110011001100 para el 0, y 101010101010 para el 1. En un diskette no podemos desperdiciar tanto espacio, entonces usamos otros sistemas de modulacion, como MFM o GCR, que no son mas que otras formas de codificar en "bits magneticos" los bits de datos de cada sector.
Hay un problema importante con el magnetismo, y es que solo podemos ver cambios de estado, es decir la variacion entre 1 y 0, esto nos limita la cantidad de ceros o unos que se pueden poner de forma continua, porque si se deja el magnetismo siempre en 1 o en 0, ya no se detecta, por lo que necesita ir continuamente variando. Esos sistemas como MFM tienen reglas sobre como representar una sucesion de unos y ceros de forma tal que el magnetismo siempre este variando. Pero algunos sistemas de proteccion o sistemas propios, como suele pasar en C64 o Amiga, donde se inventan formatos especiales (mas en Amiga que en C64), pueden no respetar esas reglas.
Cuando uno lee un D64 a partir de un diskette, esta asumiendo que los datos de los sectores estan grabados siguiendo las reglas del formato estandar, es decir que cada bit de datos equivale siempre a los mismos bits magneticos en el disco, entonces la decodificacion de esos bits magneticos para traducirlos a los bits de datos ocurre dentro de la disketera (1541 o la que sea), y si el diskette tiene proteccion, el bit de datos puede no leerse bien, porque la proteccion provoca el error a proposito.
Ya que las protecciones estan hechas para provocar errores que el propio programa protegido corrige, pero que fallan al leerse con un copiador, lo ideal es almacenar el contenido completo de los bits magneticos, que es lo que lee la Catweasel o la Kryoflux, luego de la lectura en bruto de esos bits, se convierte a D64, o a G64, segun cuanta informacion de los bits magneticos se quiere conservar (el D64 los elimina completamente, ya que solo almacena los bits de datos finales).
Para verlo de una manera mas grafica, es como si tuvieramos una cinta de juego de C64, conociendo el formato podriamos capturarlo en la calidad minima para que en cada muestra tengamos mas o menos un 1 o un 0 del audio, pero ya que el grabador, la tarjeta de sonido, los cables o la edad de la cinta pueden meter distorsion, siempre es mejor capturar en calidad CD, aunque sepamos que una cinta no llega a esa calidad. Y hacemos esto porque teniendo la maxima calidad, luego es mas facil distinguir los errores o aplicar filtros de audio, para convertir a un formato de archivo de cinta. Los sistemas de proteccion pueden verse como formatos no estandar, por lo tanto un conversor estandar a T64 (o el formato que use) puede fallar si la proteccion no respeta las reglas estandar para representar los unos y ceros de datos mediante unos y ceros magneticos. Al capturar la cinta en maxima calidad en wav, siempre y cuando el audio y la cinta sean buenos, solo hace falta desarrollar el soft adecuado para interpretar los unos y ceros magneticos (que en el wav se ven como voltajes o niveles de volumen) que entienda las reglas usadas por esa proteccion para convertir los bits magneticos a bits de datos finales. Eso es mas o menos lo que se hace con las Catweasel/Kryoflux, pero con el "audio" grabado en los diskettes.