Despues de ir haciendo algunas pruebas mas:
Por un lado hay algunos de los juegos que estan en 2 partes que estan preparados para funcionar en cinta y disco.
Pero la mayoria solo funcionan en cinta asi que he pasado algunos a TAP con un cargador de Turbo Tape (el que venia en las Stars

) y las 2 partes en formato Turbo Tape.
Es lioso, y me queda mucho, pero de momento funciona. Por un lado resultan incomodos de utilizar pero por otro, desde el punto de vista de la preservacion, es su formato original asi que supongo es lo correcto.
De todas formas si alguien sabe algo de como pasarlos a D64 seria mejor tenerlos en los 2 formatos.