No hay mejor juego del Commodore porque no hay una respuesta objetiva posible. Como dice Jose hay muchos juegos buenos o que se consideran buenos por un número apreciable de gente.
Si miras en Lemon64, hay un ranking de puntuación de juegos. Los que tienen más de 200 ó 300 votos y buena puntuación son a buen seguro opciones interesantes.
Los dos que tienen mayor puntuación son el Zak Mc Kraken y el Maniac Mansion, dos aventuras de LucasFilm (Arts). Son dos juegos estupendos para haberlos jugado en su momento. Sin no los conoces y los pones ahora, todo el encanto de los personajes - muy bueno en su momento por las animaciones y la profundidad del juego - queda bastante atenuado por el paso del tiempo, y como aventuras son MUY difíciles para los "estándares actuales" (sobre todo el Zak, madre mía qué complicación)
Añadir por si he parecido duro que los considero dos juegos imprescindibles (aunque prefiero la versión de Amiga)
Te pasa igual con otros como Bard's Tale, Ultima, Pirates!, Elite, ...
El Last Ninja es un muy buen juego, fué toda una revolución, aunque a mi particularmente me aburría un poco y me desesperaba el salto del río por las piedras.
Mi selección personal para sugerir va por la línea de Jose, juegos divertidos arcade - acción como Boulder Dash, incluso con su puntito de estrategia o aventura: Bubble Bobble, Bruce Lee, Ranarama, Wizball, Realm of Impossibility, algún Summer/Winter/World Games, Impossible Mission