Respecto a las mejoras de Wizardry , no tengo ni idea, pero como ya ha comentado lobogris, las mejoras en unas ocasiones son la aceleración y en otras el uso de más bancos de memoria para incluir músicas o gráficos, que en la versión C64 original no entraban.

La diferencia está en que el el C128 solo es aprovechado por los juegos parcheados o previamente preparados para ello y el Chameleon aplica la aceleración del borde del Vic a cualquier juego sin necesidad de estar parcheado o preparado.
En algunos juegos no vale para nada, ya que todo se acelera a lo loco, en otros genera errores gráficos, aunque afortunadamente esto suele suceder con los juegos que no necesitan aceleración.
En los juegos que realmente eran lentos como el Driller, Total Eclipse , simuladores etc... van la leche de fluidos.
Hoy voy a llevar el Chameleon a la oficina, a ver si tengo un rato, para hacer un par de capturas de video para mostrar el efecto de un Driller a tope de fps.

Ahora que lo he visto el Uridium+ en esa lista, lo he descargado y probado y en la pantalla de presentación detecta los 2 Mhz.
La primera captura la he realizado desde el Vice del C64 y la segunda desde el Vice del C128 en modo C64.

Otra referencia que he encontrado de listado de aplicaciones y juegos específicos para el C128 y al final de la lista indica unos juegos que en modo C64 se benefician de la velocidad de los 2 Mhz del C-128

http://www.adras.com/Commodore-128-specific-programs-Update.t3381-181.html

** Programs that are enhanced when run on a Commodore 128 in C64 Mode **
-----------------------------------
1581 Toolkit
Alleykat
Elite 128 (enhanced version of commercial release)
Flight Simulator II (With patch 20%-25% frame rate increase)
Gunship
HyperLink 2.5e
Intensity
Maverick
Morpheus
Novaterm
Paradroid Turbo
Project Stealth Fighter
Qix!
Stealth Mission
Test Drive II
Uridium Plus
Wizardry 1,2,3,5

No me atrevo a rebatir lo que comentas, ya que veo que tienes bastante controlado el tema, pero en varias web sobre el C-128 citan diferentes juegos que aún siendo de C64 están preparados para beneficiarse de los 2 mhz del MOS Technology 8502 del c128 desde el modo C64. Parece ser que utilizan una interrupción del borde del VicII en un momento determinado y luego lo vuelven a poner a 1 Mhz y así continuamente, obteniendo una cierta aceleración para por ejemplo el cálculo de generación de gráficos vectoriales. En Elite 128 creo que es un ejemplo de ello y se ejecuta desde el modo C64.

Te pego la referencia que he encontrado en la wikipedia.

http://en.wikipedia.org/wiki/Commodore_128

A handful of C64 programs wrote to $D030 (53296), often as part of a loop initializing the VIC-II chip registers. This memory-mapped register, unused in the C64, determined the system clock rate. Since this register was fully functional in C64 mode, an inadvertent write could scramble the 40-column display by switching the CPU over to 2–MHz, at which clock rate the VIC-II video processor could not produce a coherent display. Fortunately, few programs suffered from this flaw. In July 1986, COMPUTE!'s Gazette published a type-in program that exploited this difference by using a raster interrupt to enable fast mode when the bottom of the visible screen was reached, and then disable it when screen rendering began again at the top. By using the higher clock rate during the vertical blank period, standard video display was maintained while increasing overall execution speed by about 20 percent.[11][12]

La verdad es que en lo he probado en el C128 no noto mejora, pero con el Chameleon 64 con la aceleradora activa, resulta increíblemente fluido el juego.
Es una pena que en su momento el C128 no lo plantearan como una simple expansión del C64 , simplemente más procesador, más memoria, mejorar el basic, sid stereo y mejorar las resoluciones del VIC. Creo que habría tenido un desarrollo más económico y rápido.
Bajo mi punto de vista el c128 es una hibridación de varios sistemas con varios procesadores integrados en un solo ordenador, que se quedaba corto en cualquiera de sus vertientes, con un desarrollo muy lento y un coste muy alto.

En el C128 los juegos que he probado, que se suponen que tienen un funcionamiento mejorado como el gunship, los he cargado sin más desde el modo C64 y no he notado diferencia. ¿ alguien sabe si hay que activar un poke específico o algo así que se activen los 2 mhz del c128 ?

Quería hacer una lista de los juegos que se benefician directamente del aumento de procesador de un c128, Chemeleon o un c64 con aceleradora del tipo SuperCPU.

C128

En principio hay una serie de juegos con versión específica de C128 que se aprovechan de su mayor velocidad y memoria como el Rocky Horror Show de C128, claramente diferente al de c64.

C128 specific games:

80 Column Games
A Mind Forever Voyaging
Alien Invaders
Backgammon
Beyond Zork
Bureaucracy
Burgerwhop
Dice Poker
Hearts
Hitchhiker's Guide to the Galaxy
Kikstart
Kikstart 2
Klondike Jones
Last V8
Leather Goddesses of Phobos
Mah jongg
Mikes Maze
Millifoot 80
Mygly 128 (Pac-Man clone, 40-columns)
Oh Thello
Rocky Horror Show
Seeraeuber
Solitaire
Tetris
Thai Boxing
The Thing
Trader
Trinity
Wumpus
Yahtzee

Pero parece ser que hay otros juegos de c64 que si detectan la presencia de un C128 ( en modo c64 ) aprovechan sus 2 mhz de velocidad, esto juegos también se ven claramente beneficiados en un Chameleon con la opción de aceleración activada.

Alleykat
Elite 128 (enhanced freeware version of commercial release)
Flight Simulator II (With patch 20%-25% frame rate increase)
Gunship
Maverick (game?)
Morpheus (game?)
Project Stealth Fighter
Qix!
Stealth Mission
Test Drive II
Wizardry 1,2,3,5

Yo la verdad es que he probado el gunship que tengo ( hay varias versiones y he probado la 129x03 ) y no aprecio una mejora aparente, por lo que desconozco si es necesaria una versión parcheada o más actual para aprovechar el c128.

Aceleradoras tipo Super CPU

Desconozco como funcionan , pero imagino que funcionará al estilo del Chameleon

Chameleon 64

En este caso utilizan un truco del borde del vic que permite mantener el sonido y la sincronización de los diferentes elementos del juego, incluso el sonido y la música, mientras aportan un comportamiento acelerado a los juegos.

En esta caso casi todos los juegos se pueden beneficiar de esta aceleración, aunque algunos resultan incontrolables. La lista de los juegos que he probado que funcionan fantásticamente y aportan una experiencia de juego mejorada son los siguientes:

Last ninja 1, 2 y 3 . El redibujado de las pantallas es instantáneo
Vendetta. El redibujado de las pantallas es instantáneo
Tusker. El redibujado de las pantallas es instantáneo
HardDrivin . Resulta algo incontrolable , pero merece la pena.
Gunship. Increíble la fluidez de los gráficos en el modo ilimitado del Chameleon
3d Construction kit y los juegos basados en él como los Castle Master I y II y el Total Eclipse I y II
Elite
En general todos los simuladores y juegos de vectores se ven gratamente beneficiados por la aceleración del Chameleon.