Lo siento pero primero:
preguntas, preguntas preguntas...
Primero, es un programa multicarga?
Y segundo es un programa original? Me refiero a uno comercial con las correspondiente protecciones.
Si es un juego (supongo) multicarga tienes que reprogramar todas las rutinas de carga o bien usar un 'copion' por parametros que coincida que pueda copiarlo.
Si es un juego comercial normal creo que lo mejor es cargar en el emulador la imagen de algun cartucho con 'frezeer' y hacer una 'imagen' del juego. Un poco chapuza pero funciona bien casi siempre.
Si esta en formato normal o 'Turbo Tape' usar un programe del tipo WAV2PRG.
Tambien es posible que alguien ya lo haya pasado y solo tengas que buscarlo en internet.
Eso es lo que se me ocurre de momento, seguro que se me olvida algo...